بعد محاولة نيرف الفاشلة لاستعادة رماح لونجينوس وتنفيذ مشروع الوسيلة البشرية، تم تجنب الدمار الناجم عن الاصطدام الرابع إلى حد كبير. في حالة من الفوضى، يسافر شينجي إيكاري وأسوكا لانجلي شيكينامي وري أيانامي إلى القرية 3 - وهي مستوطنة ناجية خالية من دمار الأرض. هناك، يتصالح شينجي ببطء مع ماضيه، ويطور حياة مختلفة تمامًا عن أيامه كطيار إيفانجيليون.