يُترك شينجي إيكاري في غيبوبة عاطفية بعد وفاة صديق عزيز. مع ابنه غير قادر عقليًا على قيادة الروبوت البشري Evangelion Unit-01، يتسابق Gendou Ikari's NERV ضد منظمة الظل SEELE لمعرفة من يمكنه تنفيذ خطتهم النهائية أولاً. يرغب سيلي في إنشاء كائن يشبه الإله من خلال دمج أرواحهم في وحدة إيفانجيليون، بينما يرغب غيندو في إعادة البشرية جمعاء إلى كائن بدائي واحد حتى يتمكن من لم شمله مع زوجته المتوفاة يوي.