شينيتشي كودو، طالب في المدرسة الثانوية يتمتع بموهبة مذهلة في العمل البوليسي، معروف بحل العديد من القضايا الصعبة. في أحد الأيام، عندما اكتشف شينيتشي رجلين مشبوهين وقرر متابعتهما، أصبح شاهدًا عن غير قصد على نشاط غير قانوني مثير للقلق. لسوء الحظ، تم القبض عليه متلبسًا، لذلك قام الرجال بجرعه بعقار تجريبي صاغته منظمتهم الإجرامية، وتركوه حتى وفاته. ومع ذلك، لدهشته الخاصة، يعيش شينيتشي ليرى يومًا آخر، ولكن الآن في جسد طفل يبلغ من العمر سبع سنوات. يحافظ تمامًا على ذكائه الأصلي، فهو يخفي هويته الحقيقية عن الجميع، بما في ذلك صديقة طفولته ران موري ووالدها المحقق الخاص كوجورو موري. ولتحقيق هذه الغاية، اتخذ الاسم المستعار كونان إيدوغاوا، مستوحى من الكاتبين الغامضين آرثر كونان دويل ورانبو إيدوغاوا. يتبع المحقق كونان شينيتشي الذي، بصفته كونان، يبدأ سرًا في حل قضايا موري الكبير من خلف الكواليس بمهاراته الاستثنائيّة في التجسس، بينما يحقق سرًا في المنظمة المسؤولة عن حالته الحالية، على أمل عكس آثار الدواء يومًا ما.